Η λειτουργία του ΒΙΟ.ΠΑ. Χανίων ρυθμίζεται από το Ν 2545/97, ο οποίος πέραν των άλλων προβλέπει την αυτοδιαχείριση του ΒΙΟ.ΠΑ. Χ με το φορέα Διοίκησης και Διαχείρισης που εκλέγεται από τους μετόχους της ΒΙΟ.ΠΑ. ΑΕ. Στο Διοικητικό Συμβούλιο του οποίου συμμετέχουν εκπρόσωποι της Τοπικής και Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης και του Εμπορικού και Βιομηχανικού Επιμελητηρίου Χανίων.

Η σύνθεση του παρόντος Διοικητικού συμβουλίου έχει ως εξής: